El principio

Al principio del juego verás a un profesor(un viejo amigo de Luigi)tomando notas de unos fantasmas.De seguido, se verá a alguien destruyendo la Luna Oscura y entonces, los fantasmas que el profesor estaba estudiando se vuelven malvados y le atacan.Cuando esto haya pasado, luigi estará dormido en el sofá de su casa, cuando, de repente, en el televisor aparecerá el profesor y le pedirá ayuda.Entonces utilizará un invento llamado Transpixelador para enviar a luigi a el bunker donde él se encuentra.Una vez en el bunker, el profesor le explicará a Luigi que la luna oscura está destruida y que como los fantasmas del valle sombrio se han vuelto malvados, su investigación sobre los fantasmas se irá al garete.Entonces, ahí es donde entra luigi, el que tendrá que ayudar al profesor a restaurar la luna oscura para calmar a los fantasmas y que siga su investigación.